2020年1月28日，FDA更新了关于细胞与基因治疗申请(INDs)的化学、制造和控制(CMC)指导原则，内容包括有克隆性的确证（assurance of clonality）和稳转细胞株开发。
创新驱动基因治疗的发展
在这份文件中，FDA为该行业和未来申办者（sponsors）的INDs申请提供了指导原则，以确保将来入组患者的安全。FDA认识到，基因治疗是一个由创新驱动的正在发展中的领域，目的是治愈以前无法治疗的患者，因此过程控制的细节也会随其发展继续完善。这份文件适逢其时，在已经开始的新的十年中，基因治疗试验的数量正在迅速增加，基于病毒的药物产品的供应正在成为一个瓶颈。
FDA将基因治疗归类为:“人类基因治疗产品包括通过转录或翻译转移的遗传物质或通过改变宿主(人类)基因序列来发挥其作用的所有产品”。该指南涵盖了临床研究新药（IND）的生产，包括病毒载体、自体和异体细胞疗法。值得注意的是，该指南与提供给生物制品（biologics）的指南一脉相承，具有很多相似之处。
主要经验和建议
可重复性
FDA指导原则的主旨是保障患者的安全和建立可重复的生产工艺，以保障今后生物药物的持续供应。当然，对于细胞工厂的使用来说，这可能是一个挑战。凭借在生物制品领域积累的数十年经验，FDA和申办者可以互通有无，共同确定需要关注的领域。
动物来源试剂
该文件强调了在IND开发中使用动物来源试剂是不可取的，应尽量减少或避免使用。通过减少使用动物来源试剂，IND申办者可将影响生产过程重复性的不确定因素、其他杂质或批次间变异的风险降至最低。例如，使用牛血清会存在传染性海绵状脑病的问题，因此要求声明“如果使用了血清，我们建议使用y射线照射以减少不确定因素的风险。这些信息可能包含在供应商提供的COA和COO中(编者注：COA,Certificate of Authenticity,防伪证明书; COO, Certificate of Origin,原产地证书)”。“生产过程的某些环节传统上会使用血清，然而在细胞建库和单个细胞分离的过程中必须用非动物来源的试剂进行评估”。
细胞库和瞬时转染生产
文件详细介绍了如何建立细胞库来确保产品在可用生命周期内的可控和一致性。细胞库的稳定性和纯度是一个需要考虑的重要方面。克隆性的确证（Assurance of clonality）是一种控制细胞种群（the population of cells）的方法，通过防止异种细胞群体（heterogeneous populations）的产生，来保障未来生产出的病毒产品的质量不受影响。FDA参考了“Q5D生物技术/生物产品质量: 用于生物技术产品及生物制品生产的细胞基质的来源和鉴定”，在该文件中可以看到关于克隆性确证的更为详细的规定。对于依赖于初始材料(如在细菌宿主中制造的质粒DNA)的瞬时生产，应建立转化细菌的主细胞库，并对细胞库进行质量保证来保障生产过程。当涉及到使用肿瘤来源或具有肿瘤表型的包装细胞系(如HeLa、HEK293)时，潜在的致瘤性会引起关注，为了确保产品安全，须对包装细胞残留DNA量予以限定。对于包括AAV在内的一些载体，这些风险也会增加。例如，AAV可以包装非病毒DNA(细胞DNA或质粒DNA)，故而须通过优化工艺参数来降低该风险对产品质量的影响。从瞬时转染生产到稳转细胞株生产的转变能够减少这类风险，可以在未来放大生产中提供更大的稳定性，适用于更大的患者群体。
自体及异体细胞疗法
对自体或异体细胞疗法，该指到原则提及了细胞来源和细胞的性质。一个可能会延及到生产企业的责任，是要提供充份的用于自体或异体治疗的细胞或组织的相关信息。这可能也要扩展到相关设备、试剂和消耗品。文件对自体细胞和异体细胞之间的供体筛选提供了合适的定义，其中对异体细胞要求更严格的检测。对基于细胞的基因治疗，所做的体外遗传修饰需要清楚地描述：包括转入基因的载体，任何基因编辑操作的概述，和预期的主要和次要的细胞群体（major and minor cell populations）。随着提高基因编辑效率的新技术的出现，次要细胞群体的问题可能会减少。
细胞染色
对于工艺中通过染色筛选出的细胞群体,这些产品(二抗或染料)接触过的细胞须按照前述FDA指导原则（“人用单抗产品生产和测试中需要考虑的因素“）予以检测。这可能有必要为此材料另外提交一份监管意见书，通过线下检测或用非染色方法对相关细胞群体进行鉴定。
设备的优化
Solentim已采取措施支持其客户在基因治疗中开发稳定的载体生产细胞株，包括用Cell Metric 和VIPS来支持克隆性确证，提供独特的促生长补充剂InstiGRO HEK来促进HEK293细胞的生长和增殖。此外，Solentim的合作伙伴ATUM提供了“Leap-in”转座子技术，可以将外源基因整合到哺乳动物细胞基因组内稳定高表达的位置。
对于基因治疗领域来说，这是一个激动人心的时刻，本文件对于确保得到高质量产品的IND申请至关重要。对这个领域研究人员而言，则需要意识到仅仅研究出一种有效的治疗方法是不够的，还应考虑到随着药物上市后患者数量增加，其方法的可生产性（manufacturability）。
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